Nog steeds prijkt aan de Kerkstraat 51 het monumentale pand van het Weeshuis. Aan de straatzijde bevinden zich de voogden- en voogdessenkamer, een spreekkamer alsmede een stijlvolle vestibule. Opvallend zijn de twee trapopgangen aan weerskanten van de deur die toegang geven tot links de voogdessenkamer en rechts de voogdenkamer. De achter het hoofdgebouw liggende gebouwen, waar toentertijd de wezen en de vader en moeder onderdak hadden, zijn in de negentiger jaren van de vorige eeuw afgestoten en zijn thans als restaurant met hotelaccomodatie in gebruik,  voorheen één van de vier stadslogementen van Fryslân, nu onder de naam Hotel Het Weeshuis.

De Stichting heeft een bestuur dat uit vijf personen bestaat. Zij werden benoemd door de gemeenteraad. Vanaf 2015 benoemd het bestuur zelf nieuwe bestuursleden. Gemiddeld één keer per maand wordt er vergaderd. Na 1954, toen het Weeshuis zijn functie als opvangtehuis voor wezen verloor, is het accent van de bestuurswerkzaamheden meer komen te liggen op het vermogensbeheer en het verlenen van subsidies ten behoeve van de gemeenschap Bolsward. Werden er reeds aan het begin van de 20e eeuw overtollige gelden beschikbaar gesteld voor allerlei nuttige doeleinden, zoals voor de aanleg van het Julianapark en de bouw van een zwemschool, na het vertrek van de laatste wezen is dit één van de hoofddoeleinden van de stichting geworden.

Diverse verenigingen, stichtingen en andere maatschappelijke instellingen uit Bolsward doen in dit verband regelmatig een beroep op het Weeshuis. Een niet onbelangrijke taak van het bestuur is het maandelijks verlenen van bijdragen ten behoeve van de kinderen uit minder draagkrachtigen éénoudergezinnen in Bolsward. Dit als voortzetting op het in 1908 ingestelde Halfwezenfonds.

Traditiegetrouw legt het bestuur jaarlijks rekening en verantwoording af aan de burgerlijke- en kerkelijke overheid. Dit heeft plaats op de zogenaamde rekendag, waarbij aanwezig zijn vertegenwoordigers van de Gemeente Sûdwest Fryslân, zijnde raadsleden of leden van B&W,  en van de kerkelijke gemeenten van Bolsward